जून २०१४ मध्ये द्वारका आणि ज्योतिष पीठाचे शंकराचार्य असलेले जगद्गुरू स्वामी स्वरूपानंद सरस्वती यांनी मात्र साई बाबांच्या पूजेला आपला विरोध दर्शवला. कारण त्यांच्या मतानुसार साई हे ईश्वर वा अवतार नसून एक सर्वसामान्य मनुष्य होते. त्यानंतर शिर्डी व काही ठिकाणी साई बाबांच्या भक्तांनी शंकराचार्यांच्या विरोधात निदर्शने केली.

साईबाबा हे मुस्लिम फकीर नसून ते जन्माने ब्राम्हण होते, त्यामुळे ते हिंदूच आहेत. असा दावा कांदिवलीच्या साईधाम चॅरिटेबल ट्रस्टने सप्टेंबर २०१४ मध्ये उच्च न्यायालयात दाखल केला होता. त्यांचा जन्म परभणी जिल्ह्यातील पाथरी या गावात २७ सप्टेंबर १८३७ रोजी दुपारी सव्वा बारा वाजता झाला, असे त्यांचे म्हणणे आहे. साईबाबांच्या आईवडिलांनी बालपणी त्यांना मुस्लिम फकिराने केलेल्या आग्रहावरून त्यांच्या हवाली केले. पण नंतर त्या फकिराने साईबाबांना वेकुंशा नावाच्या हिंदू गुरूकडे सोपवले. साईबाबा यांचे खरे नाव हरिभाऊ आहे. याबाबत सबळ पुरावे असल्याचा दावाही साईधाम चॅरिटबल ट्रस्टच्या वतीने करण्यात आला आहे.